JR東日本と異なりかつては本形式をしばらく使用する方針があり、状態の良い車両で古くなった車両を置き換える本形式同士の置換えを続けていた。しかし延命期間を過ぎたことと新車投入のペースが早まったりしたことで2010年頃から廃車が急速に進むようになった。その後短編成化や225系5000番台の投入等で体質改善40N施工車を含むサハ・WAU102形冷房搭載車・ユニット窓車にも廃車が発生しており、片町線・東海道・山陽本線・福知山線ではJR東西線への入線対応と高速化で207系等に置き換えられており、既に運用はない。
2006年から2007年にかけて東海道・山陽本線に321系が投入され、201系が大阪環状線や関西本線に、205系が阪和線に転用された関係で本形式の大規模な転属と廃車が行われた。山陽本線の岡山地区では置き換えと転入を繰り返した後2010年3月のダイヤ改正で再び定期運用から離脱した。その後2011年3月のダイヤ改正では225系5000番台の投入で日根野電車区では直接廃車された他運用の見直しで森ノ宮電車区から転属した車両に置き換えられ、双方ともに配置車両が大幅に減少している。広島地区では2015年3月のダイヤ改正で227系に置き換えられて全廃になった他大阪環状線と阪和線では2016年以降323系と225系に置き換えられる予定である。また、大阪環状線の201系は他線区に転用されることが予想されるため、本形式は大幅に数を減らすことが予想されている。